1. 과세요건

지방세법 제7조 제5항의 규정에 의거 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산등을 취득한 것 으로 본다. 다만, 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다. 이 경우 납세의무를 지는 과점주주에 대하여는 제2차 납세의무의 규정을 적용하기 때문에 종전에는 연대납세의무를 적용하는 것과는 차이가 있다. 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 사원이 다른 주주 또는 사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과한다.¹⁴⁾

이 때 과점주주는 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과된 자들을 말한다.¹⁵⁾

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14) [지침]
과점주주에 대한 납세의무(행자부 세정-3632, 2007. 9. 6) 지방세법 제105조제6항 및 같은법시행령 제78조제1항의 규정에 의한 과점주주에 대한 취득세 납세의무 성립여부와 관련하여 기존 과점주주와 특수관계에 있는 자가 기존 과점주주로부터 주식 또는 지분의 일부를 취득한 것은 특수관계인간의 거래로 과점주주로 인한 취득세 납세의무가 없는 것이며, 특수관계인간 내부거래라 하더라도 과점주주비율 전체를 취득하여 새로운 과점주주가 되는 경우에는 취득세 납세의무가 있는 것으로 보았으나, 대법원 판결(2007두10297, 2007.8.23)에서 “기존 과점주주와 특수관계에 있으나 당해 주식 발행 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식 또는 지분 전부를 이전받은 경우라 하더라도 일단의 과점주주 전체가 보유한 총 주식 또는 지분의 비율에 변동이 없는 한 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다”고 판시함에 따라 이와 같은 경우 취득세 납세의무가 없는 것으로 유권해석을 변경함

15) 실질적인 과점주주의 범위(대법원 2006두19501, 2008.10.23.)
구지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항 본문에 의하여 취득세의 납세의무를 부담하는 과점주주는 같은법 제22조 제2호 소정의 형식적 요건을 갖추어야 할 뿐만 아니라 당해 과점주주가 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위에 있음을 요하지만(대법원 92누11138, 1994.5.24. 참조), 이때 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위라 함은 실제 법인의 경영지배를 통하여 법인의 부동산 등의 재산을 사용․수익하거나 처분하는 등의 권한을 행사하였을 것을 요구하는 것은 아니고, 소유하고 있는 주식에 관하여 의결권행사 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것임. 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서, 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 증명하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였다거나 실지소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 위의 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 증명하여야 할 것임(대법원 94누6222, 1994.8.12.; 대법원 2003두1615, 2004.7.9. 참조).
[판례]
과점주주로서 법인의 경영을 사실상 지배하는 자의 판단기준 (대법원 98두12062, 1998.12.8.; 대법원 97누5930, 1998.10.13.) 국세기본법 제39조 제1항 제2호는 구국세기본법(1993.12.31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호가 과점주주 전부에 대하여 무제한적으로 제2차납세의무를 부과하던 것과는 달리, 과점주주 중 주식을 가장 많이 소유하거나 출자를 가장 많이 한 자(가목), 법인의 경영을 사실상 지배하는 자 ㈏목 등에 한하여 제2차납세의무를 부과하도록 개정되었는바, 개정된 입법취지에 비추어 보면 위 ㈏목 소정의 법인의 경영을 사실상 지배하는 자에 해당하는지 여부는 구체적으로 법인 경영에 관여하였는지 여부를 불문하고 특단의 사정이 없는 한 진실로 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 그 해당 여부를 판단하던 위 개정 전의 구법하에서와는 달리 당해 과점주주 개개인을 기준으로 그 자가 법인의 경영에 관여하여 이를 사실상 지배하였는지 여부에 따라 판단하여야 함.