Ⅵ. 종합소득세액 계산

• 납세자는 시스템 개발 업체로서 거래처의 설계 용역 의뢰에 따라 의뢰받은 개발용역에 종사하는 자의 인건비를 연구․인력개발비세액 공제 대상으로 신고하였으나,
  - 세액공제 대상에 해당하지 아니함에도 이에 대한 검토를 소홀히 하여 종합소득세 000백만 원 부족징수

① 내국인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없음(조기통 10-0…2)

② 연구개발전담부서에서 자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행하는 경우 수탁받은 연구개발용역을 수행하는 자의 인건비는 연구개발 수행기간·시간 등 합리적인 방법으로 안분계산하는 것임(법인-272, 2012.4.18.)

③ 조세특례제한법」 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】를 적용함에 있어서 연구개발 전담부서에서 자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행하는 경우 같은법 제143조 제1항의 규정에 따라 연구개발비용을 각각 구분경리 하여야 하는 것임. 다만, 공통으로 지출된 연구개발비용을 구분경리하지 못하는 경우에는 연구개발에 투입된 시간 등 합리적인 기준에 따라 안분계산 하여야 하는 것임( 법인-119, 2011.2.15.)

④ 납품업체가 자기의 책임과 비용으로 거래처의 납품의뢰에 따라서 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술로 상품화개발 등을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 「조세특례제한법 시행령」【별표 6】제1호 연구개발란 가목의 자체연구개발 비용에 해당하는 것임. 이 경우 연구ㆍ인력개발비에 해당하는 비용 중 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 단서규정에 해당되는 비용이 있는 때에는 동 비용을 차감하는 것이나, 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유ㆍ사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구ㆍ인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하지 아니하는 것임(재조특-177, 2017.2.9.).

• 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 중 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.
  ① 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
  ② 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
  ③ 위 ②에 해당하는 자(법인을 포함한다)와「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항에 따른 특수관계인. 이 경우, 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.
• 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말한다.
  

  인건비에 포함하는 것	인건비에 포함하지 않는 것
  ① 사용자부담 국민건강보험료(서면법규-752, 2014.7.17.) ② 국민연금사용자부담금(조심2016광1337, 2016.12.16.) ③ 확정기여형 퇴직연금보험료(대법2016두63200, 2017.5.30.)*	① 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 ② 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금 ③ 「법인세법 시행령」 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등

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  * 2007~2010 사업연도에 대한 판결임. 2012.2.2. 퇴직급여를 인건비에서 제외하도록 조특칙 별표가 개정되었으므로 2012.2.2. 이후는 판례가 적용되는지 여부 불분명함.