① 매입시 부담한 부가가치세는 취득가액에 포함하되, 일반과세자로서 매입세액공제를 받은 경우에는 그러하지 아니한다.
② 사업자가 면세전용과 폐업시 잔존재화에 대하여 납부하였거나 납부할 부가가치세는 잔존재화 양도시 양도소득의 취득가액으로 본다(소령 163조 1항 1호).(면세전용으로 납부하였거나 납부할 부가가치세는 2018.2.13. 이후 양도분부터 면세전용 추가)(소령 163조 1항 1호).
◆ 폐업시 잔존재화에 대한 매출세액
종전에 국세청은 사업자가 납부한 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세는 해당 자산 양도시 양도소득의 필요경비가 아니라고 해석하였다(소집 97-163-24). 그러나 대법원은 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세는 당초 매입세액 공제를 받은 것을 추징하기 위한 것이므로 자산의 취득가액에 가산해야 하므로, 자산 양도시 양도소득의 필요경비라고 판결하였다(대법원 2012두12723, 2012.12.26.). 실무상 혼란을 방지하기 위하여 대법원 판결에 따라 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세는 해당 자산 양도시 필요경비라는 규정을 신설하여 2015.2.3. 이후 양도분부터 적용하도록 하였다(소령 163조 1항).
③ 일반과세자가 간이과세자로 변경되면서 사업용 고정자산인 건물에 대하여「부가가치세법」제64조 및 같은 법 시행령 제112조 제3항에 따라 계산하여 납부한 재고납부세액은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는
필요경비에 해당한다(서면-2015-법령해석재산-2335 [법령해석과-384], 2016.2.5.).